Jean II Cotelle, dit le Jeune, naît à Paris en 1645 dans un milieu cultivé. Il est entouré d’artistes et surtout de peintres comme son père, Jean I Cotelle, peintre du roi, décorateur et ornemaniste. C’est vraisemblablement auprès du portraitiste Claude Lefèbvre, qu’il reçoit sa première formation. Jean Cotelle Le Jeune fait ensuite un séjour à Rome de 1665 à 1670.
Dans les années 1675, il réalise des miniatures pour illustrer les Campagnes de Louis XIV ainsi qu’en 1681, un May de Notre-Dame, de très grand format, représentant les Noces de Cana.
Cotelle travaille également à des décors, en particulier au château de Saint-Cloud où il réalise pour le Cabinet des bijoux, des tableaux sur l'histoire de Vénus et Enée.
La plus importante commande est celle passée par Louis XIV pour décorer la galerie de Trianon aussi appelée la galerie des Cotelle.
Pour cette galerie, Cotelle peint vingt-et-une vues topographiques des jardins de Versailles qu’il agrémente de personnages tirés de la mythologie ou de la littérature. En parallèle, il exécute une série de vingt gouaches reprenant les mêmes thèmes de la galerie de Trianon en miniature.
En 1693, il quitte Paris pour la Provence en passant par Lyon où il aurait exécuté le décor du plafond du grand salon pour le château de la Damette. De 1695 à 1700, il est à Marseille et devient co-directeur de l’opéra avec Duplessis. Il réalise également des décors éphémères comme L’entrée dans la Ville d’Avignon du duc de Bourgogne et du duc de Berry.
Jean II Cotelle est de retour à Paris en 1703 et y poursuit ses activités à l’Académie jusqu’à son décès en 1708.